苏州市疾控中心于2001年10月由原市卫生防疫站、市血吸虫病防治站、市皮肤病防治所、市结核病防治所、第五人民医院预防门诊部、市职业病防治所以及市健康教育所等七家单位组建而成，是市卫生健康委直属的公益一类事业单位。内设24个科室，现有编制数471个，在编在岗297人，平均年龄38.3岁，博士31人，硕士187人，本科及以上282人。中心先后获得全省抗击新冠肺炎疫情先进集体、江苏省先进基层党组织等荣誉称号，获评江苏省和苏州市文明单位。

近年来，中心以实施健康苏州建设为抓手，全面提升疾病预防控制服务能力。全市甲乙类传染病始终保持在较低流行水平，免疫规划、血吸虫病防治等工作代表中国接受世卫组织的现场评估和调研，艾滋病防制工作先后7次受邀在国内外会议上进行交流。全市居民健康素养水平41.31%，四类慢性病早死率7%，人均期望寿命83.06岁，主要健康指标全国领先。建成国内地级市首家具有人类遗传资源保藏许可证的超大样本与信息复合型生物样本库，成为我市生物医药产业园招商引资的重要服务平台。

中心坚持以人为本，医教研产融合发展，成功引进中国疾控中心高福院士团队，与北京大学、南京医科大学进行深度科教研合作，建设北京大学公众健康与重大疫情防控战略（苏州）研究中心、苏州公共卫生高等研究院，依托“全国导师制”等五大人才新政组织青年骨干赴国内高校和专业机构进修学习，建成国家级实验室2个，省级重点实验室4个，市级重点学科4个。自主培养省“333”人才3名、省青年医学人才2名、省有突出贡献的中青年专家1名、姑苏重点人才4名、姑苏卫生青年拔尖人才10名，博导2人，硕导22人，29人次担任国家、省、市级学组组委或副主委。立项国自然基金项目4项，市厅级及以上科研项目62项，重大疾病关键技术项目12项，发表SCI文章74篇。年均年40人次参与国家卫生标准立项、制修订等评审工作。

2023年12月1日，苏州市疾控中心新址正式启用。新址位于相城区太平街道广前路16号，占地面积50亩，总建筑面积7.8万㎡，项目总投资8.4亿元，融合“园林苏州，人文疾控”的设计理念，彰显苏州地域文化。新建设的市疾控中心建筑总高48.8米，最高12层，功能区布局合理，重点打造疾控业务中心、发展研究中心、苏州健康科普馆、苏州生物样本库以及高标准公共卫生医师规范化培训基地。

新建设的苏州市疾控中心立足国际标准、适度超前，其中高标准建设的实验室作业平台将使我市具备新型冠状病毒、禽流感、艾滋病等高致病性病原微生物的分离培养能力，将确定未知病原微生物完成序列的时间大幅缩短；扩建后的超大复合型生物样本库将具备2000万样本和匹配数据的保藏能力，在新药靶点筛选、验证、分析、预测以及生物制剂的研发等方面极大促进产业发展，对临床医学转化起到有力的推动作用；升级后的苏州健康科普馆将利用数智化“互联网+健康”服务模式，打造健康城市新地标。通过建设“绿色、环保、园林、人文”疾控，打造一张独具特色的疾控文化名片。